在南京办理食品经营许可证需要准备以下手续：

申请表格：您需要填写《食品经营许可申请表》，并加盖公章或个人签名。该表格通常由当地市场监管部门提供，您可以在其官网上下载。

营业执照副本：您需要提交企业营业执照副本，包括正本和副本。

法定代表人身份证明：您需要提交法定代表人的身份证明，包括身份证、护照等。

从业人员健康证明：您需要为从业人员提供健康证明，以证明他们没有传染病和其他疾病，并且符合相关卫生标准。

房屋租赁合同或者产权证明：如果您租用商铺进行经营，需要提供房屋租赁合同；如果是自有房产，则需要提供产权证明。

设备购置发票或者租赁合同：如果您购买了必要的设备用于食品加工和储存，需要提供相应的购置发票；如果是租赁的设备，则需要提供租赁合同。

其他相关材料：根据不同情况，您可能还需要提供其他相关材料，比如环保手续、食品安全管理制度等。

需要注意的是，以上手续仅供参考，具体要求可能会因地区而异。在办理食品经营许可证前，建议您先了解当地的相关政策和要求，并咨询当地市场监管部门的工作人员，以确保您的申请材料齐全、规范、合法。

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